La administración shogunal en época Tokugawa presentaba dos vertientes claramente definidas: la nacional y la privada. El shogun tenía una clara superioridad en tierras y hombres sobre sus más próximos rivales daimyos, y además ejercía el control sobre las grandes ciudades de Osaka, Kyoto y Nagasaki y las minas de Izu, Sado y Ashio, razón que explica su dominio sobre los principales centros económicos y financieros del país. El shogun sólo contó con los dos daimyos de su casa y los más leales de las casas colaterales, mientras que los daimyos exteriores (tozama) estuvieron al margen o fueron excluidos de manera deliberada. El castillo de Edo se convirtió en el centro del gobierno y, por tanto, en el núcleo socio-económico del Japón. La política nacional y la capacidad de decisión descansaban sobre el Consejo de Ancianos, formado por cuatro o seis personas elegidas entre los vasallos shogunales, cuyas funciones estaban ya definidas en 1634. Entendían en todo lo referente a la política interna y exterior, supervisando los asuntos a través de los cargos administrativos.
El gran consejero tenía la función de asesorar en materia de alta política y actuar como regente en los periodos de minoría de edad. Desde 1684 se entregó con carácter hereditario a una misma familia. Pero los sucesivos shogunes minaron la autoridad y el protagonismo de esta figura, pues vieron en el cargo un enemigo de su propio poder, al superponerse al del Consejo de Ancianos en coyunturas especiales.
Para las cuestiones privadas shogunales estaba el Consejo de Ancianos menores, formado por cuatro o seis vasallos de posición inferior, con responsabilidades sobre los daimyos de la casa y séquito-corte del shogun. Controlaba el funcionamiento de la administración de finanzas, asuntos cortesanos, soldados, inspectores disciplinarios, etcétera, como se estipulaba en las ordenanzas de 1634. Cuando las funciones de ambos Consejos se superponían, primaba la autoridad de los consejeros ancianos, dado el carácter nacional de sus atribuciones.
Todos los funcionarios estaban bajo la autoridad de los ancianos, aunque a veces actuaban de manera independiente. Sólo dos cargos shogunales estaban a sus órdenes directas, y tenían un rango casi equivalente al de consejero anciano: el gobernador general de Kyoto y el intendente del castillo de Osaka. Tales excepciones derivaban de los orígenes del shogunato Tokugawa y de la necesidad de vigilancia imperial. Con el tiempo, la mayoría de los shogunes mostró dirigentes no demasiado capaces, hasta el punto de caer en una función en gran parte simbólica.
El sistema baku-han facilitó al Japón la posibilidad de gozar de un sistema administrativo vigoroso y amplio. El estamento militar gravitaba sobre las comunidades urbanas y campesinas, se había adueñado de todos los derechos superiores y la administración estaba en manos de la clase samurai. El shogunposeía plenos poderes gubernamentales; al igual que los Tokugawa eran la prolongación de la autoridad militar en tiempos de paz, los samurais se convirtieron en ciudadanos civiles, aunque se suponía que empuñarían las armas en caso necesario. El régimen Tokugawa constituye, pues, un caso de gobierno civil eficiente, administrado por una casta militar profesional, siendo el gobierno del bakufu, literalmente, la prolongación de la autoridad militar en tiempos de paz. Sin embargo, frente a la presión exterior, Japón adoptó una estrategia aislacionista y replegó a la sociedad sobre sí misma. Y la política aislacionista, comenzada en el siglo XVII, continuó durante la siguiente centuria debido, sobre todo, a tres causas principales: la preocupación por estabilizar la política interna, el deseo de los Tokugawa de asegurar el monopolio del comercio exterior y el temor al Cristianismo.
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