En el año 360 a. C., el filósofo griego Platón describió lo que por primera vez hasta entonces no era más que un mito oral en Occidente: la leyenda de la Atlántida, una civilización muy avanzada tecnológicamente que había florecido hacia el décimo milenio a. C. Pero esa visión no es exclusiva de Platón, en todos los continentes existen leyendas similares a ésta. En Asia y el pacífico Sur hay numerosos textos antiguos que cuentan una historia asombrosamente similar. Los escritos chinos más antiguos describen un lugar llamado Peng Jia, una isla situada al este y habitada por seres humanos capaces de volar y que poseían una poción que les daba la vida eterna. Un antiguo cántico hawaiano narra la llegada de una raza mágica, venida de una isla flotante situada en el oeste y llamada Mu. Son numerosas las leyendas de una civilización prehistórica en el Pacífico. Además, los japoneses llamaban a sus emperadores prehistóricos Jim – Mu, Tim – Mu, Kam – Mu, etc., lo que quizá significa que sus ancestros fueran supervivientes de esta civilización.Sin prestar atención al nombre dado, todos esos lugares legendarios tienen algo en común: que la gran civilización de la que hablan fue destruida por una gran inundación. Hancock cuenta que durante el deshielo hubo tres grandes inundaciones. En una ocasión el nivel del mar subió hasta treinta metros.

Tras las inundaciones hubo supervivientes que emigraron y extendieron su leyenda y los conocimientos de su civilización por todo el mundo. West cree que el hecho de que las grandes civilizaciones, que nacieron hace más de siete mil años, construyeran estructuras similares no es una coincidencia. Una especie de semejanza universal de diseños que se repite en emplazamientos distintos y alejados: pirámides de Egipto, templo de Angkor en Camboya, Templo del Sol en Perú, etc.Pero no sólo todas estas estructuras tienen una forma arquitectónica parecida, sino que muchas de ellas poseían una función similar. Es un hecho que muchas de las estructuras megalíticas antiguas, ya sean en Stonehenge en Inglaterra o los templos megalíticos en Malta, no sólo constan de grandes rocas cortadas y talladas por el ser humano, sino que están organizadas y orientadas según una relación astronómica o solar. Cuando Yonaguni debió de estar sobre tierra firme, se encontraba exactamente en lo que era entonces el Trópico de Cáncer.

Cerca del monumento hay una piedra a la que los científicos llaman la Piedra del Sol que podría haber sido usada como reloj o con algún propósito religioso, con una orientación en sentido norte-sur. Hancock sostiene que la arqueología es una ciencia muy limitada, ya que centra su atención exclusivamente en las cosas halladas en la superficie de la Tierra. Según él, se deberían estudiar las áreas donde pudieron vivir seres humanos antes de la gran inundación.En septiembre de 1997, Robert Schoch con Kihachiro Aratake, John Anthony West y Graham Hancock, se propusieron investigar las ruinas de Yonaguni. El equipo realizó una serie de filmaciones de estas estructuras, una de las cuales mostraba una enorme formación piramidal de 80 metros. Algunas estructuras tenían 25 metros de alto, y ángulos rectos perfectos formando escaleras enclavadas en la roca.

Otras se encontraban a sólo 10 metros de la superficie de las aguas. Descubrieron que, a cada lado de una especie de pasillo se veían dos filas de megalitos, unos encima de los otros, y los bloques horizontales tenían la misma forma que los de Stonehenge. Al salir del pasillo divisaron dos megalitos asombrosamente regulares, que la naturaleza difícilmente podría haber colocado.
Imagen 24: mapa de las ruinas de Yonaguni. Para los partidarios de que las estructuras de Yonaguni están realizadas por la mano del hombre hay más indicios, como poco, asombrosos. Por ejemplo, en la terraza superior del monumento hay formas que parecen haber sido esculpidas; la combinación de estos diseños distintos en una misma zona podrían significar una prueba de la poca probabilidad de que hayan sido formadas naturalmente. A pesar de todo esto, Schoch afirma que hay ciertas marcas que podrían ser artificiales y que no se puede excluir la hipótesis de que el hombre le diera alguna utilidad, aunque originalmente fuera una estructura natural.En julio del año 2000, un equipo de filmación de Canal Historia se sumergió en Yonaguni para ver las ruinas de cerca.