Entre los factores que se han citado como causas de la migración vertical, el más relevante es la luz, pero también están la gravedad, la presión y otros no del todo aclarados. Lo cierto es que, de cualquier forma, la migración vertical debe de tener un sentido ecológico, aún no dilucidado completamente, ya que el derroche de energía que supone dicha migración ha de responder forzosamente a ciertas necesidades fisiológicas. Una de ellas podría ser la alimentación (y quizás la más lógica), ya que gran parte de la población migratoria se encuentra principalmente en los 100 metros superficiales, precisamente donde se localiza la producción primaria por parte del fitoplancton. También se ha argumentado que las migraciones nictimerales constituyen un mecanismo de defensa: durante el día, los organismos zooplanctónicos permanecen en las profundidades, donde estarían a salvo de sus depredadores, ascendiendo por la noche, cuando son más difíciles de detectar por éstos. Algunos autores han señalado que, durante el día, cuando la actividad fotosintética es mayor, los organismos fotosintéticos liberan sustancias tóxicas; esta liberación de toxinas se detendría durante la noche, cuando la actividad fotosintética es nula, y es por ello que el zooplancton aprovecharía este momento para ascender a capas más superficiales sin peligro.