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En 1974, en conjunto con su estudiante David Holmgren (su tesis de doctorado fue clave), desarrollaron una estructura para un sistema de agricultura y de estilo de vida sostenibles para lo cual acuñó la palabra “permacultura” . Esto culminó en 1978 con la publicación del libro “Permacultura 1”, y un año después “Permacultura II”. Muchos especialistas y académicos se sintieron ultrajados por la combinación permacultural de agricultura, silvicultura, manejo de animales y asentamientos humanos.
Bill ha dicho que si bien en sus inicios la permacultura apuntó hacia el autoabastecimiento de la familia y de la comunidad sin embargo “la autosuficiencia no tiene razón si la gente no tiene acceso a la tierra, a la información y a los recursos económicos”. Así, en los últimos años la permacultura se está dirigiendo también hacia estrategias, para acceso ala tierra, legales y financieras (tales como autofinanciamiento regional, estructuras de negocios, intercambios de servicios y productos, sistemas económicos alternativos no basados en el sistema monetario internacional, como los LETS). De esta manera la permacultura está tomando un rostro profundamente creativo y revolucionario.
Desde 1979, Bill Mollison dejó la academia y se ha dedicado a practicar con el ejemplo: construir sistemas biológicos sostenibles. Paralelamente, fue formando el Instituto de Permacultura TAGARI, en Tyalgum, Australia. En 1991 ya había más de 4,000 personas graduadas, avaladas por el Instituto. Actualmente hay más de 140 Centros diseminados en 50 paises (bajo el principio de no centralización), con 20 mil personas entrenadas. En 1981, Mollison recibió el Premio Nobel Alternativo por parte del Parlamento Sueco; el reconocimiento de Holanda; Gran Bretaña (Sociedad Schumacher), y en 1991 la Academia de Ciencias de Rusia le otorgó la medalla Vavilov (por vez primera aun extranjero).
Mollison considera que Masanobu Fukuoka (autor de La Revolución de la Brizna de Paja) sintetiza muy bien la filosofía básica de la permacultura: “trabajar con la naturaleza, no contra ella”. Para esto hay que observar, cuidadosa y profundamente, como trabaja la naturaleza antes que manipularla. En este sentido, la permacultura ha estudiado profundamente algunos de los principales sistemas productivos y estilos de vida indígena, a lo largo y ancho del mundo.