El origen de la mitología japonesa está basado en el Shintô (“Voz de los Dioses”), religión politeista tribal importada a Japón durante el período Yayoi por emigrantes de Corea y de Mongolia. Esta religión probablemente se mezcló con la 
religión de los pueblos indígenas que vivían en Japón. No existe una certeza total de estos hechos ya que la escritura no aparece en Japón hasta su importación de la cultura china.
Cuando la cultura china fue importada a Japón, el Budismo, el Confucianismo, el Taoísmo y el Yin-Yang no suplantaron a la religión indígena, pero fueron incorporadas gradualmente a los rituales Shintô y a las fiestas locales.
A los dioses se les llama Kamis. Son los que están colocados en lo alto, por tanto, los que son adorados. Cada dios representa una fuerza de la naturaleza: el Sol, el trueno, los lagos, los ríos,… Todos los Kamis tienen una apariencia humana. Existen Kamis en la Tierra y Kamis en el cielo. Para comunicar entre ellos, entre la tierra y el cielo, los Kamis envían a mensajeros.
Los japoneses a menudo hacen ofrendas a los Kamis, con la intención de subsanar problemas de salud, familiares o cualquier otro tipo de problemas que puedan surgirles. El emperador japonés también es muy venerado, ya que es considerado como descendiente del Kami Sol.
Los mitos japoneses han llegado hasta nosotros gracias a los emperadores japoneses que hace muchos siglos dieron la orden de fijarlos por escritos. Así es como se creó el Kojiki, libro histórico más viejo que se conserva relativo a la historia de Japón. Fue redactado en una mezcla de japonés y de chino.
Kojiki cuenta cómo fue creado el universo, pero también la historia de los dioses y de los diferentes emperadores de esa época.
En el comienzo nacen los primeros dioses, en la alta planicie del cielo. Al principio los dioses se esconden y es sólo al cabo de varias generaciones que aparecen el dios Izanagi y diosa Izanami. La creación del mundo comienza con ellos.
Al principio la Tierra estaba totalmente desordenada, era el caos. Los dioses ordenan entonces a Izanagi y a Izanami ordenar y consolidar la tierra. Para hacerlo, se les entrega una inmensa lanza muy decorada.
Izanagi e Izanami se colocan sobre el puente que flota en el cielo, puente que relaciona el mundo de arriba con el de abajo y sumergen la lanza en el océano. Al sacarla, una de las gotas que caen otra vez en el océano se transforma en una isla.
Izanagi e Izanami bajan del cielo y se instalan en esa isla. Construyen allí su casa y deciden unirse. Así, Izanami pone en el mundo numerosos hijos, numerosos Kamis. Izanami muere trayendo al mundo al Kami del fuego, que la quema. Su muerte desespera a Izanagi. Él intenta hacerla volver del mundo de los muertos “el país misterioso de las raíces”, pero no lo consigue.
Sin ella, él mágicamente da a luz a numeroso Kamis. En el momento de su viaje al país de los muertos, Izanagi sí encuentra Izanami, pero ésta le dice que no puede volver a la Tierra ya que ha probado el alimento de este país, pero que encontrará una solución. Además, le dice que no le mire en ningún momento. Desgraciadamente, Izanagi es demasiado curioso y no puede evitar mirarla y se transforma en un demonio furioso.
Izanagi tiene que huir al ser perseguido por los ocho dioses del trueno y todos los guerreros de los infiernos. Consigue huir y tapa la salida del reino de los muertos con un peñasco enorme. Izanagi consigue salvarse pero pierde para siempre a su esposa. Para limpiarse del viaje, se baña en el río. De ese baño nacerán más de diez Kamis, entre ellos la diosa Amaterasu, el dios del sol.