La Biblia es una fuente de verdad infalible para más de mil millones de seres humanos, pero con un libro (o más literalmente un conjunto de libros) de esta edad, la especulación surge en cuanto a los hechos contenidos en el mismo.

Esta lista examina algunos de los misterios históricos e incluso algunos de los misterios teológicos contenidos en la Biblia. Estos son temas que fascinan a los eruditos bíblicos y laicos por igual.

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Según la mitología cristiana, el Santo Grial era el plato, placa, o una taza usada por Jesús en la Última Cena, y se dice que posee poderes milagrosos.

La conexión de José de Arimatea con la leyenda del Grial data de finales del siglo 12 en el que José recibe el Grial en una aparición de Jesús y lo envía con sus seguidores a Gran Bretaña. La creencia en el Grial y el interés por su posible paradero nunca ha cesado.

La propiedad se ha atribuido a diversos grupos (incluyendo los Caballeros Templarios), probablemente porque estaban en la cima de su influencia en la época en que las historias del Grial comenzaron a circular.

Hay copas consideradas como el Grial en varias iglesias, por ejemplo, la de Santa María de La catedral de Valencia, que contiene un artefacto, el Santo Cáliz, supuestamente llevado por San Pedro a Roma en el siglo I, y luego a Huesca en España por San Lorenzo en el siglo tercero. El cáliz de Valencia tiene cierto mérito como contendor para ser el verdadero Grial ya que se ha afirmado científicamente que fue creado entre el siglo 4 aC y el siglo 1 dC en el Medio Oriente.

Otras historias dicen que el Grial esta enterrado bajo la capilla de Rosslyn o yace profundamente en el campo en Glastonbury Tor. Hay otras historias que afirman que una línea secreta de protectores hereditarios tiene el Grial, o que fue oculto por los templarios en Oak Island, la famosa «Money Pit» de Nueva Escocia.

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El Arca de la Alianza es un contenedor que se describe en la Biblia como contentivo de las tablas de piedra en que fueron inscritos los Diez Mandamientos, así como la vara y el maná de Aarón.

El Arca permaneció en Jerusalén hasta que los babilonios saquearon y destruyeron el templo. A partir de entonces, el Arca entró en el dominio de la leyenda, ya que desapareció para siempre.

Algunas de las teorías acerca de donde puede estar son: ocultamiento intencional por los sacerdotes bajo el Monte del Templo; traslado intencional de Jerusalén antes que los babilonios; y remoción del Arca por el príncipe etíope Menelik I.

Las excavaciones modernas cerca del Monte del Templo en Jerusalén han encontrado túneles, pero la excavación debajo del Monte del Templo está fuertemente restringida. Uno de los santuarios islámicos más importantes, la Cúpula de la Roca, se asienta en el lugar donde se alega que el Primer Templo de Salomón fue construído. Según la Biblia, el rey Salomón, cuando se estaba construyendo el templo, había puesto el Arca de la Alianza en una plataforma que podía ser llevada hacia abajo en un sistema de túneles en caso de ser invadido el Templo. Esto haría de esta locación un lugar plausible.

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Por los pecados de sus habitantes Sodoma, Gomorra, Adma y Zeboim fueron destruidas por «azufre y fuego de parte de Jehová desde los cielos» (Génesis 19: 24-25).

En el cristianismo y el Islam sus nombres se han convertido en sinónimo de pecado no arrepentido, y su caída en una manifestación proverbial de la ira de Dios.

La existencia histórica de Sodoma y Gomorra todavía está en disputa por los arqueólogos. La Biblia indica que se encuentran cerca del Mar Muerto. Las posibles candidatas para Sodoma o Gomorra son las locaciones descubiertas o visitadas por Walter E. Rast y R. Thomas Schaub en 1973, incluyendo Bab edh-Dhra, que fue excavada originalmente en 1965 por el arqueólogo Paul Lapp.

Otras posibilidades incluyen también Numeira, es-Safi, Feifeh y Khanazir, que también fueron visitadas por Schaub y Rast. Todos los sitios fueron localizados cerca del Mar Muerto, con evidencia de quema y trazas de azufre en muchas de las piedras y de una desaparición repentina de asentamiento poblacional hacia el final de la Edad de Bronce.

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Mientras que la mayoría de los eruditos bíblicos y teólogos consideran que lo más probable es que la historia del Jardín del Edén no sea literal, algunas personas creen que el lugar existió en realidad.

Por otra parte, la Biblia da direcciones de la ubicación. Esto ha generado muchos intentos de localizar el jardín. La historia de la creación en Génesis relata la ubicación geográfica de ambos; El Edén y el jardín cerca de cuatro ríos (Pisón, Guijón, Tigris y Éufrates) y tres regiones (Havila, Asiria, y Kush). Hay hipótesis que ubican el Eden en las cabeceras de los ríos Tigris y Éufrates (norte de Mesopotamia), en Irak (Mesopotamia), África y el Golfo Pérsico.

Mientras que la verdadera ubicación es un misterio, hay un giro particularmente fascinante en esta historia: en Génesis 2:13 se menciona que Etiopía está cerca o alrededor del Jardín del Edén («Y el nombre del segundo río es Gehon, el cual es es el que rodea toda la tierra de Etiopía»).

Desde 1974 Los paleontólogos han excavado seis millones de años de vida y la conclusión es que Etiopía es el lugar científico del origen humano, un Jardín del Edén científicamente verdadero.

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El código de la Biblia, también conocido como el código de la Torá, es una serie de mensajes que supuestamente existen en el texto de la Biblia y que cuando se descifran supuestamente demuestran conocimientos avanzados y la profecías. El estudio y los resultados de este sistema de cifrado han sido popularizados por el libro El Código de la Biblia.

El método principal por el que los mensajes supuestamente significativos se han extraído es la secuencia equidistante Letter (ELS). Para obtener una ELS de un texto se elige un punto de partida (en principio, cualquier letra) y un número de salto también libremente y posiblemente negativo.

Entonces, comenzando en el punto de partida, se seleccionan letras del texto en el mismo espacio como dadas por el número de salto. Los defensores de los códigos de la Biblia suelen utilizar un texto de la Biblia hebrea.

El uso y la publicación de «predicciones» sobre la base de códigos de la Biblia ha tenido éxito en el logro de la conciencia popular acerca de los códigos, sobre todo  basados en el trabajo del periodista Michael Drosnin. La más famosa predicción de Drosnin fue en 1994; el asesinato del primer ministro israelí, Yitzhak Rabin en 1995, utilizando una técnica de código de la Biblia.

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La frase «Las diez tribus perdidas de Israel» se refiere a las antiguas tribus de Israel que desaparecieron de los escritos bíblicos después que el reino de Israel fue destruido, esclavizado y exiliado por la antigua Asiria.

Muchos grupos de Judios tienen doctrinas acerca de la existencia oculta continuada o futuro regreso público de estas tribus. Este es un tema que se basa parcialmente en hechos históricos autentificados y documentados, en parte en la tradición religiosa escrita y en parte en la especulación.

Ha habido algunas bizarras afirmaciones acerca de quienes pueden ser descendientes de las tribus perdidas. Algunas de estas afirmaciones incluyen a los irlandeses, los nativos americanos, los británicos y los japoneses. Los Judios Kaifeng en China afirman ser descendientes de una de las tribus perdidas.

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El Faraón del Éxodo es el faraón (rey) que gobernó el antiguo Egipto en la época del Éxodo. Más precisamente, la pregunta es… ¿quién podría haber sido este faraón?

 La historia de la esclavitud de los hijos de Israel en Egipto, las plagas con que Dios obliga su liberación, y su posterior huida de un ejército que los perseguía en el cruce del Mar Rojo, se cuenta en los primeros capítulos del libro del Éxodo. No se menciona el nombre del faraón de la historia – se refieren a él simplemente como «faraón»; y la cuestión de su identidad ha sido objeto de mucha especulación entre aquellos que creen que el Éxodo es un hecho real.

La figura más comúnmente imaginada en la cultura popular es Ramsés el Grande, aunque no hay evidencia documental o arqueológica de que él tuvo que hacer frente a las plagas de Egipto o algo similar o que él persiguió a los esclavos hebreos que huían de Egipto.

También hay una crónica hecha por Merneptah, en forma de un poema de la llamada Estela de Israel, que hace referencia a la supuesta destrucción total de Israel en una campaña antes de su quinto año en Canaán: «Israel ha sido eliminado … su semilla ya no existe». Básicamente no hay evidencia que apoye firmemente la opinión de cualquier faraón específico como el que se menciona en Éxodo.

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Por lo menos desde la época de Eusebio (c 275 -. 339 dC) hasta la actualidad, la búsqueda de los restos físicos del Arca de Noé ha ejercido una fascinación para los cristianos, Judios y musulmanes.

A pesar de muchos rumores, supuestos avistamientos y expediciones, no hay evidencia científica del arca.

La búsqueda del Arca ha sido llamada por algunos arqueólogos » persecución de un ganso salvaje «. Los buscadores del Arca han tenido poco material para ser guiados hasta el Arca más allá de la mención en el Génesis de las «montañas de Ararat «. A mediados del siglo 19, los arqueólogos habían identificado un reino del primer milenio AC y la región de Urartu, contemporáneos del imperio asirio y de los primeros reinos de Judá e Israel, que se encuentran en las montañas de la actual Armenia y al este de Turquía.

No fue sino hasta el siglo 19 cuando la región se estableció lo suficiente para hacerse atractiva para los occidentales y hacer posible importantes expediciones para buscar el Arca. A principios  del siglo 21, dos candidatos principales para la exploración habían surgido: la llamada anomalía Ararat, cerca de la cumbre principal de Ararat (una «anomalía» que se muestra en las imágenes aéreas y de satélite como una mancha oscura en la nieve y el hielo del pico), y el sitio separado en Durup-nar cerca de Dogubayazit , 18 millas (29 kilómetros) al sur de la cumbre del Gran Ararat.

Hay un interesante artículo sobre el descubrimiento reciente de madera petrificada que supuestamente es parte de una de las paredes de la embarcación.

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Uno de los mayores misterios de la erudición bíblica se refiere a la identidad de «el discípulo a quien Jesús amaba».

Según el Evangelio de Juan, este fue el discípulo que se apoyó en Jesús durante la Última Cena, y el único discípulo masculino presente en la crucifixión. Además, Juan 21:24 señala que todo el Evangelio de Juan se basa en los recuerdos de este discípulo. Sin embargo, extrañamente, nunca da su nombre. Los otros tres evangelios no dan su nombre tampoco. De hecho, ni siquiera mencionan este «discípulo amado» (como se le llama a menudo). Tampoco dicen nada acerca de cualquier discípulo apoyado en Jesús durante la Última Cena o que haya sido testigo de la crucifixión. Su silencio sobre el asunto solo agranda el misterio.

Varios estudiosos han argumentado que el Discípulo Amado era Lázaro, el hermano de María y Marta de Betania, y el hombre que Jesús resucitó de entre los muertos. La razón de esto es el hecho de que cuando las hermanas llamaron a Jesús para ayudar a Lázaro, dijeron: «Señor, el que amas está enfermo».

Algunas teorías modernas llegan a afirmar que María Magdalena era el discípulo amado, una idea que sin duda impresionaría a Dan Brown.

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Los evangelios son probablemente la parte más importante del Nuevo Testamento y hasta el siglo 18 su autoría en general no era considerada como un misterio.

Pero a medida que los eruditos bíblicos modernos investigaron la historia de los cuatro libros, comenzaron a cuestionar el hecho de que fueron escritos por Mateo, Marcos, Lucas y Juan.

Hay mucha especulación (sobre todo basado en el orden de la escritura de los libros) que los evangelios fueron escritos por personas que conocieron a los apóstoles, pero no por los apóstoles directamente.

Este es un misterio que es poco probable que sea resuelto a menos que se descubra un documento de origen «maestro» para las citas comunes en los evangelios lo que explicaría las anomalías que se habla en apoyo de las teorías de autor no apostólicas.