Durante el periodo Sengoku (1467-1568) Japón vivió inmerso en una serie de luchas internas entre los diferentes señores feudales (daimyo).

Éstos contaban para el combate con los samuráis (la clase guerrera de mayor rango aunque pertenecientes a una clase inferior de la nobleza) quienes estaban regidos por un estricto código de honor.

Sin embargo, para operaciones que requerían de la discreción (como el espionaje y la recolección de información, la intrusión en el bando enemigo e incluso el asesinato, es decir, misiones encubiertas), los daimyo contaban con un tipo de agente especial conocido comoshínobi o ninja, quienes practicaban el ninjitsu, arte del espionaje y la guerrilla.

Se desconoce el verdadero origen de este grupo de guerreros, pero ya desde el siglo V eran utilizados en las batallas.

El historiador británico John Man afirma que los primeros shinobis pudieron ser agricultores y de la provincia independiente de Iga y Koka en la actual Prefectura de Mié.

Debido a que no estaban ligados a ningún señor, ellos desarrollaron el ninjitsu para defenderse y se ponían a las órdenes de cualquier daimyo que tuviera el dinero para pagar sus servicios; por el contrario, el investigador inglés Antony Cummins niega su origen campesino.

Para él se trataba de familias de clanes independientes con una cultura sofisticada, e incluso pudieron tener antecedentes chinos.

Desde muy pequeños los aspirantes a ninjas eran ilustrados en la lucha con armas y cuerpo a cuerpo (aunque preferían evitar cualquier confrontación pues su misión era no ser descubiertos), el sigilo y el arte del disfraz para cambiar de identidad; escalar paredes, obtener información, utilizar artillería y preparar venenos y explosivos, con los que durante la batalla provocaban incendios y eliminaban los suministros.

Además, para evitar se detectados por los perros, debilitaban su olor corporal a base de una dieta de tofu.

Fue Oda Nobunaga, el señor feudal encargado de unificar Japón, quien decidió acabar con los ninjas; con sus fuerzas en 1587 atacó a la comunidad de Iga y mató a gran parte de su población.

Los ninjas supervivientes emigraron a otros territorios, y para 1600 los secretos del grupo se habían perdido; sólo quedaron algunos textos acerca de estos guerreros.

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