El jitomate es una planta originaría América. Actualmente se aceptan dos cetros de origen para esta hortaliza: México y Perú. En ambos países existe evidencia sobre el proceso de domesticación del jitomate, lo que indica que esta pudo ocurrir en ambas regiones al mismo tiempo, sin que hubiese contacto directo entre ambas zonas.

En Sudamérica el jitomate se cultivó en la región andina y posteriormente se extendió por todo el continente. Aún hoy en día es posible encontrar plantas de jitomate silvestre en algunas regiones, lo que permite a los investigadores hacer mejoras genéticas para fortalecer las variedades comerciales de jitomate.

En lo que respecta a México se tienen evidencias arqueológicas de que Physalis ixocarpa era una especie que se consumía en la región desde épocas prehispánicas. Esta especie, de nombre común tomatillo, y que aún se sigue consumiendo en México, es uno de los ancestros del jitomate domesticado por los aztecas.

Los aztecas utilizaron el jitomate como alimento pero también para usos medicinales. Su consumo de expandió hacia Centroamérica a través de los mayas y otras culturas, y hacia Europa de la mano de Hernán Cortés. Con el tiempo los españoles lo llevaron a todo el Caribe y entró a Asia a través de Filipinas.

Sobre el nombre de esta hortaliza tanto tomate como jitomate son correctos.Tomate deriva del vocablo náhuatl tómatl. Jitomate a su vez proviene dexictomatl. En sentido estricto jitomate solo debe utilizarse para hablar de variedades de tomates grandes, rojos y que presentan una especie de ombligo.

En el norte de México el vocablo utilizado es tomate, mientras que en el centro y sur se prefiere jitomate. Esto es así para diferenciarlo del tomate verde o tomate de cáscara, que en el norte se le conoce como tomatillo, por lo que no hay confusiones. Igualmente se utilizan mucho los vocablos tomate bola o tomate saladet, que hacen referencia a dichas variedades.